Está ubicado al norte de la provincia de Manabí. Sus primeros pobladores fueron las tribus de la cultura Jama, Coaque y Tsáchilas que habitaban hasta el sector de lo que hoy es Cajones. Este cantón manabita se conforma producto de un conflicto limítrofe con la provincia de Pichincha, los territorios que hoy ocupan pertenecen a la provincia de Manabí desde el 25 de junio de 1824.
En 1961 contraviniendo el decreto legislativo del 28 de septiembre de 1830, al crearse la parroquia Santo Domingo, en la jurisdicción del cantón Quito, se cercena el territorio manabita, nada se dice de San Miguel, zona que pertenecía al área de donde se ubica El Carmen y que se hallaba bajo la administración y jurisdicción de los Mercenarios de Portoviejo, según lo cuenta el Padre Juan de Velasco en su “Historia del Reino de Quito”.
En 1892 Teodoro Wolf por orden de la Asamblea de 1844 elabora el mapa del Ecuador y hace constar los territorios de hoy El Carmen como manabita.
En 1892 Teodoro Wolf por orden de la Asamblea de 1844 elabora el mapa del Ecuador y hace constar los territorios de hoy El Carmen como manabita.